Die Franz-Hecker-Schule arbeitet mit vielen außerschulischen Institutionen zusammen; hier eine Auswahl:
- KiTa St. Ansgar und KiTa Schölerberg
- Evangelisches Jugend- und Fürsorgewerk (Hort Klecks)
- Kirchen- und Moscheegemeinden: St- Ansgar-Gemeinde, Luther-Gemeinde
- Ditib Moschee
- RAZ (Regionale Anlaufstelle für Kinder aus Zuwandererfamilien)
- Sportvereine: TUS Nahne
- Stadtbibliothek Osnabrück (Kennlerntage für Erstklässler)
- Universität Osnabrück (u.a. Sachunterrichts-Projekte, Kicking-Girls)
- Zoo Osnabrück (Projekt „Deutsch lernen im Zoo“)
- Musik- und Kunstschule (Druckwerkstatt, Chor)
- Stadtwerke Osnabrück ( „Bus-Schule“)
- Fachdienst Gesundheit (Zahnärztliche Untersuchungen, Zahnprophylaxe und Projekte zur gesunden Ernährung)
- Polizei Osnabrück (Unterstützung bei Klassenprojekten)
- Theaterpädagogische Werkstatt (Präventionsprogramme „Mein Körper gehört mir“)
- Kunstschule Paletti
- Musikschule MiaMusica
- Caritas Osnabrück
- Mentor – Die Leselernhelfer Osnabrück e.V.