In der Franz-Hecker-Schule bieten wir sowohl christlichen als auch islamischen Religionsunterricht an. Der christliche Religionsunterricht wird als konfessionell-kooperativer Religionsunterricht erteilt. Sowohl evangelische als auch katholische Lehrinhalte werden berücksichtigt und die ökumenische Perspektive besonders betont. Auch Kinder, die keiner Konfession angehören, können teilnehmen. Islamische Kinder können am Islamunterricht teilnehmen, der zeitlich parallel zum christlichen Religionsunterricht verläuft. Im Laufe des Schuljahres werden drei Gottesdienste gestaltet: Der Einschulungsgottesdienst, der Abschlussgottesdienst der vierten Klassen sowie ein Erntedank-, Advents- oder Ostergottesdienst. Neben jeweils einem evangelischen und einem katholischen Geistlichen ist häufig auch ein Imam dabei.
Neben dem Besuch der christlichen Kirchen in Nähe finden auch Besuche und Austausche mit Vertretern der muslimischen und jüdischen Gemeinde der Stadt statt.
